Dinas Perhubungan Administrasi Jakarta Timur dibentuk menyusul diberlakukannya otonomi khusus DKI Jakarta pada awal 2000-an, ketika urusan transportasi yang semula dikelola provinsi mulai didesentralisasi ke masing-masing kota administrasi. Pada tahun 2003, Suku Dinas Perhubungan dan Transportasi Jakarta Timur resmi beroperasi dengan kantor pusat di kawasan Cakung, bertanggung jawab mengatur lalu lintas, mengelola perizinan trayek, terminal, dan parkir di wilayah Jatinegara, Pulogadung, Makasar, Matraman, Cipayung, dan Ciracas. Seiring pertumbuhan penduduk dan kompleksitas mobilitas, peran Dinas semakin meluas dengan dukungan integrasi layanan bus TransJakarta koridor 11, penerapan sistem e-parking, serta program feeder untuk konektivitas kawasan perumahan. Pada dekade berikutnya, transformasi digital mendasari modernisasi layanan perizinan dan pemantauan lalu lintas pintar, sementara inisiatif transportasi ramah lingkungan dan kolaborasi lintas sektor terus dijalankan untuk mendukung mobilitas Jakarta Timur yang lebih aman, tertib, dan berkelanjutan.